自從三一射線被發現並作為一種重要的能源被廣泛使用以來，人類已經經歷了大半個世紀，但是，神秘的外星生物ｉｎｖｅｎｔｏｒ（來訪者）自月面開始侵襲地球，人類瀕臨危機。於是，人們自發製造了大量的ｓｕｐｅｒ ｒｏｂｏｔ去應戰，終於擊退了這些怪物。隨著早乙女博士的死亡，世界三一射線的研究權威機構 ——早乙女研究所漸漸被廢棄，當年殺害博士的元兇，就是原三一隊隊長——流龍馬，如今已經被判處無期徒刑，處於監禁中，曾作為戰爭中擁有最強大力量的三一隊也就此解散。 一日，原三一隊成員——巴武藏和車弁慶在咚蛙姺街匾?镔Y的時候，於山路上再度遇見了消失多時的ｉｎｖｅｎｔｏｒ，並受到了截擊，巴武藏駕駛三一三號機應戰，酣戰多時，中途卻被一巨大的機器人攻擊，它全身深紅，背後生有惡魔的翅膀，它是弒神者——真三一。並不知情的武藏被打成重傷，而真三一也同時收拾掉了ｉｎｖｅｎｔｏｒ，強大的力量令人咋舌，而操縱者，竟然是原本應該在３年前死去的早乙女博士。 到底是怎麼回事呢？ｉｎｖｅｎｔｏｒ侵攻地球的謎團，三一射線的秘密，即將要揭曉了。
