香港回归之后,警方为了维护香港的社会治安,打击黑帮势力,安插了1000多名卧底进入各类黑社会组织中,其中又以气焰最劢的洪兴社团为主要打击目标。早年做过卧底的韦定邦督察为这次代号“百年孤寂”行动的总指挥。洪兴社团的龙头老大虽然年事已高,却深谙权利之术,很好地平衡着社团内各方的利益,自己却并不直接参与其中,因此一直令警方束手无策。各种犯罪活动主要由四个人控制:华超、黎继祥、钟孝礼、游志标。警方的渗透瓦解了他们四人表面看来稳定的关系,令他们感到草木皆兵,为求自保开始把刀伸向了对方。黎继祥因为钟孝礼的陷害被社团的杀手刺死,曾经是韦定邦警校同学的华超,在儿子被钟孝礼所伤后重新成为卧底,钟孝礼也难逃社团内部了清洗。最终,在潜伏于社团各处的卧底的配合下,洪兴社团中的大小头目一一落网,这个不可一世的犯罪社团被警方彻底摧毁。
影片演员阵容强大,故事扣人心弦,情节跌宕起伏。对于爱香港黑帮片的影迷而言,《卧虎》将会是继《无间道》之后又一部令人期盼的巨片。