淘气小女孩雨果与父亲赌气后离开家,再次回到神秘世界寻找老朋友“啦啦”和“熊大叔”。在雨果和熊大叔、啦啦为重逢而喜悦之时,一个巨大的危机也悄然袭来,所有喝过水的生命都变小了。
原来是地下宫殿的鼠族首领番薯,偶然发现了远古的预言,它在危机爆发前吩咐鼠民囤聚了活水,它企图借助这个危机将其它生命变为鼠族的奴役。
在番薯的儿子米粒的帮助下,雨果、啦啦、熊大叔得知找到水的源头可以解除危机,三个好朋友踏上了拯救家园的艰难旅途,一路之上,他们与鼠族军队斗智斗勇,并与米粒和大脸怪成为了朋友。危机时刻,米粒让番薯觉醒,他最终放下内心的仇恨,决定与神秘世界的族民共同守护美丽的家园……