首先剧场开头是很可怕的，晚上柯南在侦探事务所2楼里取东西的时候，门外有动静，柯南去查看，结果回来的时候ジン和ウォッカ却突然出现在屋子里，ジン堵住了柯南的嘴巴，并说了一句【好久不见啊，江户川柯南，不。。。。是工藤新一】，之后掐住柯南的嘴把他举了起来，小兰下楼来寻找柯南，这时候ジン使了个眼色对ウォッカ，然后说【看看和你有关的人都是怎么玩完的吧】，门口的玻璃出现了小兰的身影，柯南被堵住嘴巴说不出话，ウォッカ举起了枪，门开了，但是没有枪声，原来只是个梦，到最后随着柯南一句【兰】这样的大喊结束了开头
少年侦探团一行在米花之森里捕捉甲虫，柯南在这里获得了博士新开发的背带，竟然可以吊起元太，（这东西在剧末有大用处）其中发现有一只雌性甲虫背上帖了带有OPEN的交叉纸条封印，这是之后的关键情报之一，之后对“标签甲虫”的悬疑再次以博士的冷笑话把这个猜测谜题结束，而那个冷笑话是关于中国传说牛郎和织女的哦
案件是一个以麻将牌为提示的连续杀人事件
其次是警视厅的内奸，具体的发现是因为那个群马县的冒失警察（本剧场版里已经晋升为警部）在开会后哼哼起了【七只乌鸦】的旋律，被柯南听到后追踪，结果发现了某个警察进了那辆黑色的保时捷，佐藤警官向周围人提起了毛利侦探办案时候柯南给的许多提示和不可思议的故事，被某内奸听到（这个内奸大家绝对想不到多厉害，稍后揭示）
会议中的时候，毛利的冒失推理让暮目警官赞叹要是工藤新一在就好了，横沟警官说工藤好久不出现了，这时候高木竟然冒失的说出在黑衣骑士的时候工藤出现的故事，被某内奸听到
一个黑影在屋子里用了电脑，因为他是内奸，所以很容易就入侵了警视厅的电脑，屏幕显示了许多江户川柯南的档案
本剧场版首次把TV内容和剧场连接起来，其中包括黑暗骑士章，灰原与组织重逢章，镜头转向柯南和同学在帝丹小学的手工课泥塑，光彦捏的是甲虫，步美是月兔，而原太是鳗鱼- -|||，柯南是海豚
深夜，一个黑影分别侵入了帝丹高中以及帝丹小学，这就是那个内奸，因为他了解了柯南的资料和一些故事后产生怀疑，拿走了海豚泥塑上的鳍和黑衣骑士的衣服，对比了海豚鳍上的柯南的指纹以及黑衣骑士演剧的套装上工藤新一的指纹，结果发现98%一致！此事镜头转向小兰打碎了柯南的饭碗，似乎暗示了什么厄运
