日向咲是夕凪中学的初中二年级的学生，是充满活力的运动型女孩，也是学校女子棒球社的成员。在新学期时，美翔舞以插班生身份加入日向崎的二年B班中。美翔舞是文静型女孩，入校后就加入学校的美术社。但其实她们两人一早已经有一面之缘了...
在五年前的夏祭，她们两个在镇上一棵大树见到不可思议的两个飞舞的发光球...
五年后，天空突然出现黑云... 她们两个像命运引导之下，又在这棵大树相遇，而两个发光球再次出现。原来当年两个发光球其实是由泉之乡走出来的精灵，她们两人更变身成为传说中的战士「Pretty Cure」。
究竟世界树发生什么事呢？ 而她们两人会否解救世界树呢？
