雍正年间，少林寺反清复明，清廷派血滴子率兵剿杀少林。方世玉和师叔智能被血滴子追杀，催马急驰。师徒二人互相救护，计脱追兵，来到一破屋。屋中有一少女名豆豆，三年前为给母亲治病，卖身为妓。现因母亲病故，回家葬母，与方世玉师徒相遇。她得悉智能禅师是少林高僧，求他做法事超度母亲亡灵。血滴子终于发现方世玉师徒行踪，率兵包围破屋，掳去豆豆，威逼二人投降，为救豆豆性命，师徒二人放下武器。血滴子残杀了受伤的智能禅师。数百名少林弟子被血滴子押进一个戒备森严的大洞，清廷大将军神公作威作福，方世玉要上前拼命，被洪熙官挡住，两人斗在一处，方世玉被刺重伤，豆豆奋不顾身护卫方世玉。神公看豆豆美貌，据为己有，命人把方世玉抛入尸井。方世玉在尸井中醒来，发现少林寺智善大师也在井内，智善对方世玉的伤十分担忧。神公得了豆豆，异常高兴，豆豆乘机要神公放了方世玉。洪熙官斗胜方世玉，深得神公信任。方世玉在豆豆的照顾下，伤势渐好。清兵在红莲寺虐待被囚的少林弟子，方世玉鼓励大家练好武功，逃出红莲寺。方世玉带少林弟子练功的事被神公发现，神公命熙官和方世玉决斗。紧要关头，洪熙官救起方世玉，神公试出洪熙官投降是假，洪熙官见事已败露，冲上台与方世玉双斗神公。少林弟子趁机暴动。在清兵的围攻下，少林弟子只好逃进尸井，智善禅师带众人从暗道逃出。方世玉在洪熙官带领下从秘道逼近神公卧室，救出豆豆。少林弟子反复冲杀，无法冲破红莲寺层层暗道机关。洪熙官决定和方世玉炸掉清兵火药库。火药库的爆炸使清兵自顾不暇，争相逃命。最后，血滴子、神公被洪熙官杀死，红莲寺毁于爆炸，少林寺弟子获得新生。方世玉和豆豆告别众师兄，驱马消失在原野中。
