12年前，东京发生了巨变。在通称“地狱之门”的未知领域出现的同时，这个世界真正的星空消失了，取而代之的是虚假的星空。而这虚假星空上的每颗星星，都对应着一个被成为“契约者”的，有着特殊能力的人。然而相对的，他们也失去了人类的感情，并且每使用一次特殊能力，都要付出“契约代价”。 在“地狱之门”出现的同时，南美也出现了“天堂之门”，为此还爆发了“天堂战争”。之后伴随着天堂之门的消失，数亿条人命与大陆的一部分从地球上消失了。而黑，则是当年参加过“天堂战争”的一个佣兵。天堂之门消失后，他被组织送到东京进行间谍活动。后来他被卷入了契约者和人类的全面冲突中，掌握了人类与契约者存亡的关键。而他并没有倒向人类和契约者任何一边，而是选择了双方共存的未来。在引发了被人称为“东京大爆炸”的事件之后，他与他的同伴——银一起消失无踪。 而两年后，故事的舞台转到俄罗斯。帕夫柳琴科博士过去曾经是负责研究物质与时间、空间等扭曲的组织的一员，同时也是记忆操作机相关研究的第一人。而他有一对儿女，便是苏芳和紫苑这一对双胞胎。但是某一天，弟弟紫苑受到从天而降的流星核的影响而成为了契约者，代价则是从此要靠轮椅行走。而苏芳本来也是过着和平安宁的生活，但是她却不知道降临到自己头上的是怎样残酷的命运。随着各国谍报机关人员的相继登场，她的和平生活也就此消失……
