艾尔里克兄弟各自在两个不同世界生活,想尽办法期望能再次相见。取回肉身但失忆了的阿鲁方斯,跟师傅泉重新修练鍊金术,为找寻哥哥继续踏上征途。爱德华则穿过门来到公元1923年的德国慕尼黑,当时一场世界大战正酝酿爆发。在这现实世界,爱德华无法使用自己擅长的鍊金术,只好借助貌似弟弟的年青人阿鲁方斯之力,尝试用火箭工学的力量重返故乡,可惜总是找不到头绪。德国在一次世界大战中战败,慕尼黑通货膨胀问题严重,民怨沸腾,人们都暗地里寻找理想国香巴拉。由艾卡鲁德.豪斯霍华率领的图莱教会就是一个寻找香巴拉的组织,希望结合自然科学,开啟通向香巴拉的路,缔造一个排外的单一民族国家。爱德华及后遇到一个叫玛布泽的男子,这名男子正在追寻一条传奇龙。爱德华跟玛布泽到一座奇怪古城,终於遇到这条龙,谁知原来牠是无法变回真身的人造人恩维。两强相遇,展开连番激战。另一方面,秘密组织图莱教会利用恩维和爱德华所画的鍊成阵,成功打开了连结鍊金术世界和现实世界的门。两个世界意外地连结在一起,令鍊金术世界陷入绝大危机。两兄弟相见的宿愿,跟前所未有的世界危机交织在一起,艾尔里克兄弟怎样面对这个全新的局面?