故事发生在前作三年之后。作为大逃杀幸存者的七原秋也此时正领导着一个由历届大逃杀幸存者组成的反抗BR法的恐怖组织，并在首都进行了爆炸行动。为此，政府出台新世纪反恐怖法案，通称BRII。
这样的背景之下，某天，汇集了来自全国各地的不良少年，以及逃课问题生的鹿之砦中学校的3年B组42名孩子，在圣诞节休学旅行通往滑雪学校的路途中，沦为了军队的劫持目标，被全员绑架到了一座孤岛之上。当他们被勒令换上军服，并押送集合至一个巨大军营之内时，他们的指导教师RIKI却出现了。“整个班级无一人例外，将成为本次BR的参加者”，RIKI向已经陷入混乱的学生们，公布了绑架理由，并说明了BR的游戏规则。
依照BRII这部法案，一个班的中学生被强行组成突击队，在颈环的逼迫下向七原所在的海岛发动进攻。在这队中学生中，有一名女生是自愿来参加的。她就是前作中被七原杀死的北野老师的女儿北野诗织（前田爱饰）。在惨重的死伤后，幸存的队员们在七原等人的帮助下摆脱了颈环的恐怖控制，并停止了战斗。然而更大的危险正在逼近。政府出动了正规部队对海岛发起进攻，甚至动用了巡航导弹。与此同时，北野诗织仍在寻找父亲留下的画中的意义……
