在森林的入口，雪成與少女永久邂逅了。接受了永久說的如果你聽到了森林的聲音，就不能亂走動的忠告後，雪成走進了森林。雪成在森林裡為了守護被獵人追捕的雪拉比，被穿梭時空的力量卷入，帶到了40年後的未來。在40年後的世界，雪成認識小智他們。但是在這世界裡，火箭隊史上最強的男人比夏斯正打算捕獵雪拉比。比夏斯擁有能將一切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智與雪成拼命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化……激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝水君出現了！小智他們能否拯救雪拉比和森林呢！
