自清雍正以来，乐家老店同仁堂被钦定为“御药供奉”，至乐家第八代已声名大震。病家闻名纷纷求药，而日本浪人小野勾结在乐家长大的曹化伦，蓄谋夺走密方药谱。
曹化伦盗方被老东家乐阔海撞见，行凶纵火，烧毁乐家细料药库;又勾结御药房白太监扣押御药银子，竟使老店雪上加霜，无钱制药，无药可售。王爷误以为乐家“拿搪”，一怒下令撤销乐家御药供奉，另行招标。面对内外交困，乐阔海老人为保住二百年老字号，毅然隔代传印，将堂印传给孙子乐宏达。
乐宏达临危受命，在妻子徐瑞珍帮助下，以海底捞月之功，夺回御药供奉。并得到光绪皇帝的赐匾。曹化伦又怂恿王爷，下令老店不得在民间售药，只供宫廷。乐宏达体味到“进则为良相，退则为良医”，“进而济世，退而济民”，“抗旨”卖药。乐阔海力助孙子，利用大总管李莲英的病情，一药回天。西太后终于开禁。
大清药王剧照
流落北京被乐家收留的女伶丛玉珠，暗恋乐宏达，然而为营救乐宏达出狱，舍身将自己嫁给曹化伦。
甲午战争，清军赴朝鲜抗敌。乐宏达赶造出十万包“诸葛行军散”，赠送将士，却被药材商人借机抬价，欠下巨款。年关债主逼债，乐宏达借贷无门，愤而变卖祖宅。药材商人得知赠药原因，慨然放弃债权。老店又一次绝处逢生。
丫头兰香之父胡七死里逃生，被诬追捕。乐家掩护胡七，却被曹化伦出卖。乐阔海将兰香收为义孙女。在徐瑞珍的撮合下，兰香与乐宏达喜结良缘。
八国联军炮轰大栅栏，老店店堂化于一炬。乐阔海命乐宏达、徐瑞珍陪同怀有身孕的兰香逃出京城，为乐家留下后代。小野率日本兵闯入乐家搜取密方，乐阔海以毒酒相酬，与之同归于尽。
乐宏达潜回京城，痛不欲生。他找到了爷爷珍藏的秘方药谱，将其藏入乐阔海的棺材。曹化伦有疑，趁夜开棺，徐瑞珍和义伶响九霄设计将曹吓死。
老店在废墟上重张，乐宏达却因饱受摧残离别人世。弥留之际，正值他的儿子乐同仁满岁“抓周”。在满桌的官帽、元宝、笔墨、绸缎之间，小同仁却抓起了“同仁堂药典”。
