黎明前的上海，社会各界知名人士纷纷响应中共民主主张，要求结束蒋家王朝专制统治。人心向背，大厦将倾，困兽犹斗的国民党国防部保密局，接受躲在溪口老家幕后指挥的蒋介石直接指令，针对那些无法公开清除的社会名人，炮制出一份“黑色名单”。军统昆明站干将黄龙杰被抽调组建代号为“闪电”的特别行动小组，展开一系列瞒天过海的暗杀活动。为此，黄龙杰以药业公司代表身份，携带妻子和部下分批赶到上海，向上海站站长韩天石报到，同时展开行动。从积极北上呼吁和平的大学教授苏文渊，到有着政治背景的商界大佬海爷都奇怪地死于意外，繁华霓虹掩饰下的上海滩，一时血雨腥风、人人自危。上海地下党组织敏锐地发现了这一动向，决定成立“曙光”行动小组，由表面上八面玲珑的商界女强人、实为地下党员的中洋贸易公司单身女经理郭家月牵头，执行保护任务，以年画作坊为掩护的情报站主任王怀志担任这一小组的联络人。“曙光”甫一出手即技惊四座，全歼黄龙杰直接从昆明带来的三员干将。由此也引起了黄龙杰的注意，而他毫无察觉的是，他和郭家月之间还存在着一个特殊的关联人物——黄龙杰的妻子沈惠芸正是郭家月的大学好友。虽然遭遇当头棒喝，黄龙杰还是有条不紊地寻觅民间高手，招兵买马重建“闪电”，他很快查出潜伏在保密局上海站的地下党员林云平，肃清了内部隐患。而林云平牺牲前带出的消息，证明了“黑色名单”和“闪电小组”的存在，郭家月顿感重任在肩。
国民党元老刘志琦成为两股力量正面角逐的对象，围绕保卫和清除，黄龙杰和郭家月斗智斗勇，他们的属下周海亮、杨帆、肖风、田雨等也各显身手，其间又发生了很多错综复杂的人物关系。郭家月不得已求助在抗战时代曾经合作过的前中统特务、今天的情报掮客赵景元，千方百计寻找送走刘志琦的水陆途径。但因为黄龙杰的层层封堵，始终无果。最后，郭家月急中生智，当刘志琦再次遭遇“意外”，郭家月一方面释放出刘志琦遇刺身死的讯息，一方面借机拿捏住韩天石的短处，威逼他亲自把刘志琦护送到了解放区。第一次完成了保护任务，“曙光组”来不及享受成功喜悦，又被匆忙带入下一个进程——这次他们要保护的对象是国防部机要局作战参谋雷文。这是一个显摆高智商的怪人，面对自己的危险处境，他从容不迫，以自己手上掌握的绝密编码器为
诱饵，指挥着郭家月和黄龙杰参与他一手导演的“智商游戏”，弄得双方疲于奔命、苦不堪言。但同时，雷文也付出了惨痛的代价，他心爱的女人秀秀被黄龙杰杀死，自己也落入黄龙杰的魔掌。郭家月在危急时刻救了他的命，然而雷文并不领情，继续他不紧不慢的遥控操纵，这让郭家月突然领悟到他“游戏”背后的难堪。确实，雷文手里掌握的只是一个解码器的半成品，他只是想借助郭家月和黄龙杰的力量搜寻更多的解码资料。随着雷文的老师吴玉江从美国归来，“曙光”和“闪电”的争夺焦点再度转移，最终雷文死于自己亲手埋下的爆炸陷阱，而吴玉江在严谨的保护中开启了他解读密码器的工作。黄龙杰再度咽下失败的苦果。
黑色名单剧照
上海的帮会势力一直是游离于朝野间的特殊力量，对即将解放的上海无疑埋下社会治安的巨大隐患，一度叱咤风云的洪帮“群义山”堂主孟立群正在不断变化的形势前犹豫不决，王怀志要求郭家月努力争取。而这时韩天石和黄龙杰也觉察到不对，分别对孟立群展开了工作，一旦孟立群作出与共产党合作的姿态，就会坚决彻底地予以清除。在这样的背景下，肆无忌惮的帮会内部倾轧、总裁红人陈部长的突然干预、“四·一二”鲜血旧债又被往事重提。这一切困扰着一代江湖闻人孟立群，直接影响他作出何去何从的艰难选择，也要求郭家月和黄龙杰在瞬息万变的形势中果断地采取正确的应手，以掌握行动的先机。接踵而来的，是一架声称要送孟家去香港却带着飞往台湾秘密使命的专机从天而降，一份“中共十大纲领”突然显现，孟立群的名字赫然在目并被列为惩办对象;孟氏祖祠里里外外悄然埋下的重重机关、祭祀先祖仪式上的门徒花边。一切挑战或真或假，起伏之间重重迷雾。为确保行动得手，黄龙杰相继请出特工班的师父和师弟加盟，但是他最得力的干将肖风，却由此意外发现了自己的身世竟然和郭家月紧密相关，以至在最后关头放走了劲敌。一次次的失败让黄龙杰难以接受，韩天石却借机把他扫到一边，自己则通过妻子池德莉寻求着与郭家月的交易，以在不多的日子谋取最大经济利益。在陪伴悄然到沪的义父陈钢将军时，几乎已经停摆的黄龙杰意识到机会重新降临，原来建筑师出身的陈钢身上带着他亲自参与修改的国防部绝密文件，涉及上海城防工事的最高机密，而这显然是“闪电”和“曙光”双方都不容错过的猎物。于是黄龙杰积极安排，不惜以义父作诱饵，并依靠义父暂居的和平旅社守株待兔，果然如愿抓住了宿敌郭家月。但是后者沉默面对拷问，韩天石也出于私利迫不及待地插手，让黄龙杰几乎面临功亏一篑的局面。危急关头他使出李代桃僵的计谋，不得已放走郭家月的同时，却巧妙诱捕了郭家月的未婚夫王怀志。
落到黄龙杰手里的王怀志求死不能，依靠对未婚妻郭家月的精神寄托和严刑拷打、神经药物艰难抗争，但还是被黄龙杰抓住了攻其不备的端倪。狠毒的黄龙杰采取离间计，制造假象，一次次让郭家月确信王怀志已经叛变，导致她亲自对王怀志射出一枪，击碎了王怀志的全部信念。王怀志终于意识到自己和郭家月的裂痕已经无法弥补，意志力开始逐渐崩溃。对敌斗争的残酷性逼迫郭家月不得不斩断情丝，她含着眼泪将自己的爱人送上了不归路。
解放上海的战役打响，国民党举起了残忍的屠刀，政治犯一批批被杀害，交通站也被相继破坏。郭家月和“曙光”小组不得已承担起救助许多转入地下的社会人士的工作，她说服临产的沈惠芸相助工作。但郭家月万万没有想到的是：她救助、安顿的人中，有一个是黄龙杰安排下的内奸，由此他们的藏身之地几经冲击，郭家月的几个得力部下为之付出了宝贵的生命。危急关头，郭家月通过看清了自己丈夫真实面目的沈惠芸的帮助，终于说服黄龙杰的义父陈钢予以合作，把所有需要保护的人安排进了戒备森严的和平旅社，她答应帮助韩天石夫妇逃出上海的允诺也在无形中增加了一道安全防线。然而随着解放军的炮声一点点接近，近乎疯狂的黄龙杰拼死一搏，封锁、狙击、内奸挑拨，郭家月们不得已忍受着死亡、饥饿、猜忌和恐怖的重重压力。但他们还是承受了考验，查出了内奸，也获得了及时的援助。情知大势已去，黄龙杰如数遣散部下，只身带着炸药走入和平旅社，在最后对决中郭家月终于拔除了和平旅社中决定整个上海基础生活设施的安全隐患，彻底粉碎了黄龙杰同归于尽的幻想。善良的沈惠芸力劝丈夫未果，遗憾地成为丈夫愚忠殉葬的牺牲品。郭家月竭尽全力也没能阻止这一悲剧的发生，只能抱着沈惠芸托付的新生儿，走出和平旅社，迎来了上海解放的第一抹曙光。
