一拉开序幕就看到让人胆颤心惊的一幕，小燕子和紫薇竟然要被问斩，实在太不可思议了!!!怎么会这样?短短的一年不到，怎么天地都颠倒了呢?
一瞬间背景又拉回半年前，香妃和蒙丹这两位关键人物还未出现在大家眼前时，那时大家开开心心的生活着，直到有一天，皇太后带着晴儿从避暑山庄回来了，皇太后认为格格们就应该乖乖的呆在宫里面，要有大家闺秀的气质，但没想到却会遇上小燕子这样的格格，又有皇后和容嬷嬷在旁挑拨，使得小燕子和紫薇的生活过的如同水深火热之中。
没想到这时香妃竟然被送入宫中，对皇上来说，是一个崭新的挑战，因为他从没遇到过有勇气抵抗他的美女，所以对香妃穷追不舍。但在香妃心中已经没有可容纳他的位置了，因为她的整颗心已经给了青梅竹马的蒙丹了。
不打不相识，没想到以这种方式大伙儿认识了蒙丹，后又全盘了解蒙丹与香妃之间的海誓山盟，所以决定不计一切代价要让蒙丹和香妃长相厮守。在这期间，小燕子等人更认识了萧剑，一位来路不明的侠客。
当时令妃娘娘刚好生了一位阿哥，也就是以后的嘉庆帝十五阿哥，在令妃生日的那天，大家合力把香妃给送出宫去，皇阿玛一气之下决定要问斩两位格格。
问斩当天，在众阿哥、格格以及妃子等人的求情下，皇阿玛已经决定要释放她们俩了，但一听到五阿哥永琪以及尔康逃狱后.一怒之下，发令逮捕他们。大家决定远走天涯。
路途中皇后派人一路追杀，使得小燕子等人逃得更加狼狈，不但金锁与柳青跌落山崖，紫薇也瞎了眼睛，尔康更身受重伤。不过好在有萧剑的协助，使得大家得以平安的度过危机，不过因为萧剑和小燕子的态度暧昧不已，使得永琪醋劲大发。最后因萧剑解释才得知原来萧剑与小燕子是亲兄妹，永琪当然也就释怀了。
另一方面，令妃娘娘一直规劝着皇帝，希望他能收回逮捕小燕子等人的命令，免得后悔也来不及了。没想到皇上派出去的人竟回报说尔康受了重伤，金锁掉下悬崖，皇上一听才知道已经后悔莫及了，于是派了福伦下江南去寻找小燕子一伙人。
没想到金锁因祸得福，因坠崖的事件才了解到柳青对她的重要性，所以他们决定终身厮守。而且紫薇也奇迹似的眼睛复明了，之后金锁、柳青、柳红终于跟上了大家的脚步，于是大家帮金锁以及柳青办了一个简单、克难式的婚礼。
此时，福伦带着一个好消息出现于大家的面前，那就是皇阿玛已决定赦免大家了，大伙儿终于可以回去紫禁城了。但大伙儿有感于皇阿玛 的反复无常，所以决定不回皇宫了，他们打算去看看云南的风景。
还珠格格第二部剧照
福伦有感于无法说动大伙儿回京，所以采取了拖兵策略，没想到竟等到皇阿玛亲自出马。但大伙儿还是不为所动，当皇上知道无法挽回时，于是当场就交给了两位格格每人一面金牌令箭，而且告诉她们每人有三次机会，而且也给了他们去云南所需要的盘缠。
紫薇和小燕子一听到皇阿玛还是那么地疼她们，于是决定跟随皇阿玛回宫。回宫后，皇阿玛才发现原来皇后娘娘暗地里派人追杀小燕子等人，原本打算杀了容嬷嬷以及皇后，没想到紫薇与小燕子竟然不计前嫌地拿出金牌令箭为皇后以及容嬷嬷求情，但皇阿玛决定将十二阿哥交由令妃看管，到最后，还是紫薇求情，十二阿哥才得以回到皇后身边。
经过这番风风雨雨，皇后及容嬷嬷始大彻大悟，且皇太后意识到之前所有的一切一切都是皇后挑拨所造成的，所以她丢下身段向大家说声 对不起。
忘了说一点，在洞房花烛夜那天还出现了一些小插曲，当天晴儿与萧剑第一次碰面，双方都被电到了，很有可能擦出爱的火花。而且因为小燕子和紫薇是同时出阁的关系，竟然出现了新娘走错洞房的笑话。
