1949年初，东江市解放前夕。
中共某地下党员突然叛变，卧底保密局东江站的刘啸尘铤而走险，保护了接头的沪城地下党负责人，自己却受到保密局上下的怀疑。此时，老奸巨猾的新保密局局长张仲年走马上任。
以岳中盛为首的东江地下党决定除掉叛徒。
一次偶然的机会，张仲年发现岳中盛竟然是叛变过的中共地下党。张仲年喜出望外，拿出当年岳中盛的叛变书要挟。岳中盛屈服了。
这只是岳中盛的缓兵之计!
岳中盛秘密安排地下组织，借助一次舞会，在刘啸尘的配合下，顺利除掉了叛徒，而原想在舞会上捕杀地下党的张仲年不但一无所获，自己还险些被刺杀。
同时，岳中盛秘密安排手下窃取保密局东江破坏计划《暗香浮动》2号。
在屡次考验刘啸尘后，张仲年对刘啸尘的疑心不减，派自己的情人程菲对他密切监视。在保密局的监控下，地下组织联络极其艰难，一时间工作陷入困境。
张仲年不肯罢休，以岳中盛的女儿岳小姗做筹码，逼岳中盛配合捕获地下党。岳中盛只得应允，却阳奉阴为，设下圈套，张仲年不甘示弱，双方斗智斗勇，不分上下。
为了再次试探刘啸尘，张仲年派他和程菲前往学校调查学潮，岳中盛的侄女姜慧对刘啸尘一见钟情。此时，岳中盛正想方设法安排女儿逃离东江。
在岳中盛的指使下，冯宾屡次行刺张仲年，均无功而返，自己反被往日恋人程菲认出。两人相认后，程菲才明白，当年张仲年为了得到自己，对冯宾横加陷害的真相。
冯宾再次刺杀张仲年失败，身份却被张仲年识破。
程菲痛苦不已，决定帮助冯宾刺杀张仲年，然后二人逃走。
刘啸尘一直积极谋划窃取东江破坏计划，均告失败，刘啸尘心急如焚。
姜慧和岳小姗假意应允岳中盛离开东江，暗中却持枪突袭保密局，刺杀张仲年，幸得刘啸尘巧妙施救，几个人才脱离险境。为此，刘啸尘进一步激起保密局上下的怀疑，处境愈发艰难。
恼羞成怒的张仲年警告岳中盛管好自己的女儿，否则自己不客气。
姜慧和岳小姗双双离家，岳中盛被逼入绝境。而张仲年决定派刘啸尘狙击姜慧和岳小姗，一箭双雕。
为顾全大局，刘啸尘别无选择，开枪狙击岳小姗和姜慧。虽化解了自身危机，刘啸尘内心却痛苦不已。小姗和姜慧被事先准备好的党组织救走，小姗壮烈牺牲，姜慧却免于一死，子弹击中左心脏，而她的心脏异于常人，长在右边。
张仲年确信岳小姗和姜慧已死，而岳中盛终于松了口气。原来，姜慧才是他的真正的女儿，岳小姗不过是他侄女，岳中盛深谋远虑，多年前就将两人的身份互换了。
在冯宾的说服下，程菲偷出《暗香浮动》2号，与冯宾接头，却被张仲年率人包围，关键时刻，冯宾被刘啸尘巧妙解救。
张仲年告诉程菲，自己并未陷害冯宾，是冯宾在叛变后，将程菲做交易筹码，为了程菲，张仲年才饶过冯宾一命。证据确凿，程菲不得不信，几乎绝望。
冯宾逃过一劫，将岳中盛女儿未死的消息透露给张仲年手下杨玉林。张仲年大喜过望，事实证明，冯宾刺杀自己和窃取《暗香浮动》2正是受岳中盛的指使，而刘啸尘很可能在开枪前已经知道姜慧的心脏异于常人。
保密局展开全城搜捕，缉拿姜慧。
形势危急，无奈之下，姜慧被转移到刘啸尘的住处。通过史秀英，姜慧得知刘啸尘是在中共在保密局的卧底，并且为了自己险些付出生命。姜慧感动不已。
在张仲年的指示下，程菲并未放弃对刘啸尘的试探。刘啸尘一次次巧妙应对，化解程菲咄咄逼人的攻势。
张仲年再次找岳中盛摊牌，岳中盛穷于应付。从两人的对话中，偷偷回家的姜慧得知岳中盛竟然是自己的父亲，而且是个叛徒。张仲年决定暂时放过姜慧，目的是通过她控制岳中盛。
痛苦不堪的姜慧独闯保密局，打伤刘啸尘，在特务的枪下壮烈牺牲。原来，知道因自己危及刘啸尘的生命，姜慧决定舍身证实刘啸尘的‘清白’。姜慧的行为令张仲年对刘啸尘是否是卧底再次困惑。
电视剧保密局的枪声剧照
女儿一死，岳中盛几乎崩溃，怀着对张仲年的仇恨，将别墅付之一炬，自己销声匿迹。
岳中盛派人绑架冯宾，为了共同的敌人——张仲年，岳中盛和冯宾达成和解。在岳中盛的密谋下，冯宾约来程菲，让她亲自打电话给张仲年当面对质，澄清自己是否叛变的真相。张仲年思虑再三后履约，双方激烈枪战，冯宾被当场击毙。
与此同时，刘啸尘设法接近机要员阿纪套出钥匙和密码，顺利窃取《暗香浮动》所有档案。刘啸尘和史秀英发现《暗香浮动》所有档案并非如岳中盛所言的是东江破坏计划，而是中共叛徒的档案。两人开始怀疑岳中盛!
档案失窃，所有的疑点都集中在刘啸尘身上。
中国人民解放军兵临城下，张仲年下令准备摧毁东江市所有重要设施，形势危急，刘啸尘临危受命，必须在极短时间内获得东江破坏计划。
至此，保密局与中共特科的真正决战才拉开了序幕----。
