《未来日记》的故事讲述了国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。一天，时空之神Deus把未来日记植入他的手机中，这日记记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。但这个“日记”一旦被破坏，持有者的未来将会同时消失，也就是持有者会立刻消失。Deus已选定十二位未来日记持有者，而最后生存的人将会成为Deus的继承者，掌握支配时空的“神之座”。故事说得便是他跟同样拥有未来日记的其余11人，展开你死我活斗争的杀人游戏。