在网络世界中，奥米加兽与梅菲斯兽交手。奥米加兽指出梅菲斯兽意欲危害数码世界，要置他于死地，却不慎被它逃到异次元现实世界。现实世界里，启人暑假为了代替父母扫墓来到冲绳，与表兄弟阿海救下了一个被数码兽追赶的少女美波。这些数码兽，似乎想要抢夺少女所带的手提电脑。备受欢迎的电子宠物V-Pet背后，到底隐藏着 什么阴谋？为保护美波而诞生的石狮兽，究竟有何不同寻常之处？