“暗之书事件”的10年后，踏入19岁的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”，以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事 件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”……