《恋爱迁都》讲述了在2710年为了迎接迁都2000周年纪念的奈良。在这个为了保存历史与自然化同存的世界中，高中2年级生真一因为休学旅行而来到奈良。但是来到此地的他的周围居然全都是鹿。就在真一不知如何是好时，一只小鹿就这么抢了他的提包，并逃离了犯罪现场。于是真一为了追击“犯人”就在奈良的街头上演了一幕“人鹿”赛跑的街头闹剧。就在此时一位神秘美少女TOTO前来相助...一场恋爱闹剧就此开始！