明治11年，通过大久保卿遭到暗杀事件，志志雄真实在背后主持的京都破坏计划逐渐浮出水面。巻町操接到京都御庭番众的首领的命令，去寻找拥有力量阻止这一 切的剑客绯村剑心。在从东海道往京都行进途中，她发现了剑心，曾经拥有拔刀斋名号让人恐惧，又是明治维新幕后助力者的剑心，两人一起上路，可是真实的剑心 却让操不敢相信。