美国的Bikini发生了核子爆炸，导致三只由廿三世纪带来拯救地球的动物因幅射变成一只三头怪物，摧毁日本。为了消灭此头突变的怪物，哥斯拉在埋葬了千日後将再次被唤醒并奉命破坏这三头怪的控制系统，但成功摧毁三头怪後，人类却无阻止哥斯拉再次破坏日本。