公元2019年，东京在经过一场浩劫后，全市即陷入空前的革命暴动，金田与铁雄是从小到大的好朋友，而在一次飞车党追逐拚斗之中，铁雄因遇到一个具有超能力的小孩而发生车祸，等到金田一行人前去搭救时，却亲眼目睹铁雄及超能力小孩都被军方给带走了。原来军方一直在秘密利用人体做脑部实验，想唤起那沈睡已久并足以毁灭世界的能量－阿基拉(AKIRA)，而铁雄正好成为军方人体实验的对象。由于铁雄的脑部已被改造，成了阿基拉重回地球的替身，阿基拉惊人的能量，即将带给宇宙前所未有的一场大浩劫。